Akcja UFO: Afterlight - Bitwa o Marsa rozgrywa się w przyszłości na planecie Mars, gdzie przeniosła się część ludzkości zostawiając Obcym Ziemię, 50 lat po wydarzeniach znanych z poprzedniej części UFO: Aftershock. W samowystarczalnej kolonii zbudowanej z dużą pomocą Retikulan pracuje około 30 kolonistów, z których niewielu już pamięta rodzimą planetę. W stanie hibernacji jest dalsze 10 000 kolonistów czekając, aż powierzchnia planety po terraformizacji będzie zdatna do zamieszkania.

W trakcie prac wykopaliskowych Ziemianie odkrywają pozostałości nieznanej, wysoko rozwiniętej cywilizacji i dążąc do odkrycia tajemnicy przypadkiem uruchamiają mechanizm obronny. Setki robotów bojowych ma tylko jedno zadanie - totalne zniszczenie każdej obcej rasy na Marsie. W trakcie gry przyjdzie jednak spotkać nam się z większym zagrożeniem, zmierzającym do nas z kosmosu przez bramy hiperprzestrzenne...