UFO: Afterlight był tytułem zamykającym przedstawioną w dwóch poprzednich odsłonach tej serii historię. Tym razem akcję przeniesiono w zupełnie nowe miejsce. Ludzkość postanowiła bowiem osiedlić się na Marsie, gdzie z pomocą Reticulantów udało się już stworzyć pierwszą bazę. W wyniku nieoczekiwanego zbiegu wydarzeń nowi mieszkańcy zmuszeni zostali jednak do obrony przed uaktywnionymi na planecie systemami obronnymi.