UFO: Aftershock ukazał się w 2005 roku i nawiązywał do wydarzeń z pierwszej części. Akcja gry tym razem rozpoczęła się w 2054 roku, czyli pół wieku po katastrofie, w wyniku której mieszkańcy Ziemi zmuszeni zostali do opuszczenia swojego domu. Resztki ludzkości emigrowały na latającą wyspę Laputę. W krótkim czasie wybuchł tam jednak konflikt, który doprowadził do zniszczenia wyspy. W rezultacie zrodził się plan odbicia Ziemi z rąk najeźdźców.