Gra rozpoczyna się od krótkiego intro prezentującego pierwsze kilkanaście pierwszych minut filmu. Rozgrywka zaczyna się od momentu uderzenia samochodu Weasley'a w bijącą wierzbę. Gra nie jest podzielona na poziomy. Harry trafia na teren Hogwartu i przez całą grę się z niego nie rusza, z wyjątkiem Zakazanego Lasu. Wraz z rozwojem rozgrywki trzeba wykonywać wszystkie zadania w wyznaczonej kolejności. Zazwyczaj wykonuje się je na zamkniętych od reszty pomieszczeniach szkoły, więc nie można się wydostać, póki się zadania nie wykona.

Pomiędzy zadaniami można zwiedzać zamek, którego architektura została mocno uproszczona na potrzeby wygodnej gry dla najmłodszych. Wtedy można zbierać Fasolki wszystkich smaków Bertiego Botta, za które można kupować towar u niektórych uczniów uczestniczących w projekcie Gospodarki Fasolkowej wymyślonej przez Freda i George'a. Są to m.in. Brązowe Karty Czarodziejów, które sprawiają, że po zebraniu dziesięciu z pięćdziesięciu długość paska energii wzrasta. Inny typ, Srebrne Karty Czarodziejów znajdują się w różnych miejscach w liczbie równej czterdziestu. Gdy zbierze się wszystkie można wejść do wyzwania Złotych Kart, których jest jedenaście w jednej wielopokojowej sali. Na jedenastej karcie znajduje się sam Harry Potter. Autorzy dodali do gry możliwość rozegrania sześciu meczów Quidditcha, które zostały uproszczone do konieczności złapania znicza i spowodowania utraty przytomności u drugiego szukającego. Można także rozgrywać pojedynki czarodziejów.

W grze znajduje się dość widoczny błąd fabularny polegający na tym, że przy każdym ukończeniu gry Gryffindor wygrywa Puchar Domów, nawet, gdy ma najmniej punktów (a co dziwne, punkty zdobywa tylko Harry Potter).